南瑤宮裡的匾額極具歷史價值與意義﹔目前懸掛於宮裡的匾額共計三十三塊，分別為三川殿五塊、正殿十五塊、觀音殿三塊、凌霄殿八塊以及辦公室一塊。諸匾額中，年代最久遠者可溯至清朝。如：懸掛於凌霄殿的「澤被東寧」與「廣敷四海」，為乾隆三十九年信眾所獻贈。其次，依序為懸掛於觀音殿嘉慶年間的「慈航普濟」、位於正殿道光年間由噶瑪蘭通判羅道所獻的「福蔭海山」，以及懸掛於辦公室內的咸豐年間欽加巴圖魯鎮守福建、台、澎水陸等處地方，掛印總兵曾玉明所立之「國泰民安」匾。此外，另有光緒年間所獻「后德配天」隻匾額，懸於三川殿。